在“十二五”计划期间，“重大新药创制”专项将进一步加大顶层设计、系统集成，突出重点，部署“三重”课题，培育“重磅炸弹”药物。要进一步强化专项研发的临床需求导向，关注生物仿制药研发。要强化课题的集成化管理，认真解决专项过程管理中存在的问题，落实责任专家制。孵化基地建设中要切实推进联盟的实质化，实现项目法人制。 
    据悉，专项研发人员将根据监督评估意见和建议，进一步加强专项的技术管理，将监督评估意见和建议融合在专项实施管理中，落实和加强战略研究，凝练重点问题和重要方向，把握国际进展，从服务重大临床需求出发，整合优势，培育创新品种，推动我国生物医药产业的发展。